Negócios COM A internet é um modelo de negócios onde você ganha dinheiro com as ferramentas da internet propriamente ditas.
​Ex: Provedor de serviços, hospedagem, softwares, etc...

Negócios NA internet podem ser quaisquer negócios onde o AMBIENTE em que se passam os negócios é a internet. Ex: Loja virtual.

...e é ai que está a maior parte DINHEIRO que roda na internet!